Savvas Paragkamian

Ηράκλειο, Κρήτη, Ελλάδα · s.paragkamian@gmail.com · +30 6934008102

GitHub · ORCID 0000-0002-8508-2521 · LinkedIn

Εκπαίδευση

Διδακτορικό (PhD) — Αποκρυπτογράφηση της σχέσης του αλληλεπιδραστικού δικτύου (interactome) του μικροβιώματος με τη λειτουργία των οικοσυστημάτων και τις βιογεωχημικές διεργασίες
Δεκέμβριος 2019 – Δεκέμβριος 2024
Πανεπιστήμιο Κρήτης, Τμήμα Βιολογίας · ΙΘΑΒΒΥΚ
Συμβουλευτική Επιτροπή: Καθ. Π. Φ. Σαρρής, Δρ Ε. Παφίλης, Καθ. Ι. Αντωνίου
DOI: 10.12681/eadd/57558

Μεταπτυχιακό (MSc) — Πολύπλοκα Συστήματα και Δίκτυα · Βαθμός 9.58 (Άριστα)
2015 – 2017
Διπλωματική: Διερεύνηση του κανόνα κεντρικότητας–θνησιμότητας (centrality–lethality) σε προσημασμένα δίκτυα πρωτεϊνών.
Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης · Επιβλέποντες: Καθ. Ι. Αντωνίου, Καθ. Σ. Σγαρδέλης

Πτυχίο (BSc) — Βιολογία · Βαθμός 7.30 (Λίαν Καλώς)
2010 – 2015
Πτυχιακή: Ο νόμος Menzerath–Altmann σε οικογένειες ανθρώπινων γονιδίων στο επίπεδο γονιδίου–εξονίου και η εξελικτική τους ιστορία.
Πανεπιστήμιο Κρήτης, Ηράκλειο · Επιβλέπων: Καθ. Χ. Νικολάου

Υποτροφίες & Βραβεία

Υποτροφία Διδακτορικού — 3η Προκήρυξη Υποτροφιών Διδακτορικών Σπουδών (αρ. 5726), Ελληνικό Ίδρυμα Έρευνας και Καινοτομίας (ΕΛ.ΙΔ.Ε.Κ.).

Dawn Field Award 2024 — για Εξαιρετική Συνεισφορά στα Γονιδιωματικά Πρότυπα, Genomic Standards Consortium. Απονεμήθηκε για τη συνεισφορά στις ερευνητικές κοινότητες της γονιδιωματικής και του νησιωτικού μικροβιώματος.

Διδασκαλία και Επίβλεψη

2026 — Συνεπίβλεψη πτυχιακής εργασίας: κα Πελαγία Καπουράλου, χαρακτηρισμός επτά νέων βακτηριακών στελεχών Janthinobacterium από το σπήλαιο Γουργούθακας.

2025 — Συνεπίβλεψη μεταπτυχιακής εργασίας: κα Νεκταρία Κοκολάκη, ωφέλιμοι μικροοργανισμοί φυτών έναντι αβιοτικής καταπόνησης από ξηρασία και υψηλή αλατότητα.

Νοε–Δεκ 2025 — TETTRIS: Επιστήμη Δεδομένων Εδάφους, Πρότυπα και Ολοκλήρωση. Διαδικτυακό μάθημα, Horizon. 10 ώρες.

Μάιος 2025 — Εργαστήριο Επιστήμης Δικτύων, Μάθημα BC204, ΠΜΣ Βιοπληροφορικής, Πανεπιστήμιο Κρήτης. 6 ώρες.

Δεκέμβριος 2024 — Μέθοδοι Εργασίας Πεδίου στη Σπηλαιολογία: Διαφορετικά δεδομένα και πρότυπα. Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, Κέντρο Επιμόρφωσης και Διά Βίου Μάθησης. 2 ώρες.

Ιαν–Φεβ 2020 — GEO-IN: Γεωτουρισμός σε νησιωτικά γεωπάρκα. Εργαστήριο για το ευρύ κοινό και επιχειρηματίες, Interreg V-A Ελλάδα–Κύπρος. 15 ώρες.

2018, 2025, 2026 — Εργαστήριο Επιστήμης Δικτύων, ΠΜΣ Βιοπληροφορικής, Πανεπιστήμιο Κρήτης. 15 ώρες.

Δεξιότητες

Γλώσσες — Ελληνικά (μητρική), Αγγλικά (C2), Γαλλικά (A2)

Προγραμματισμός — Πολύ καλή γνώση: R, AWK · Μέτρια: Python, Bash · Βασική: Julia, Perl

Υπολογιστικές — Ροές εργασίας μεταγονιδιωματικής μικροβιώματος, ανάλυση πολύπλοκων δικτύων, μικροβιακή γονιδιωματική, agentic ανάκτηση πληροφορίας και εξόρυξη κειμένου, μηχανική δεδομένων, πρότυπα δεδομένων βιοποικιλότητας, εκτίμηση hotspots ειδών, γεωχωρική ανάλυση (GIS), στατιστική και μαθηματική μοντελοποίηση.

Βάσεις Δεδομένων & Οντολογίες — GBIF, OBIS, IUCN, MICROBEATLAS, WoRMS, NCBI Taxonomy, GTDB, SILVA, ENA, MGnify, GenBank, Ensembl, PubMed, OpenAlex, Copernicus, NASA MODIS, JGI IMG/M, KEGG, STRING, EnvO, Gene Ontology.

Ροή εργασίας — Unix, Vim, Git, Tmux, Conda, Claude Code, Ollama, LaTeX, r-spatial, R Targets, Tidyverse, QGIS, HPC (Slurm), Podman, Docker.

Δειγματοληψία Πεδίου — Εξειδίκευση σε ακραία περιβάλλοντα: ψηλούς βράχους και βαθιά σπήλαια. Οργάνωση εφοδιαστικής (logistics) για αποστολές με 30+ συμμετέχοντες. Δειγματοληψία εδάφους, σπηλαίων (μικροοργανισμοί και αρθρόποδα), αρπακτικών πτηνών. 50+ συλλήψεις αρπακτικών πτηνών από φωλιές σε βράχους (σπιζαετός, χρυσαετός, Gypaetus barbatus) με τεχνικές σχοινιού.

Διαπροσωπικές δεξιότητες — Διοίκηση έργων, δημιουργία ομάδων, επίβλεψη εργασιών, επιστημονική επικοινωνία, τεχνική υποστήριξη διαδικτυακών και υβριδικών εκδηλώσεων.

Υπαίθριες δραστηριότητες — Πιστοποιημένος εκπαιδευτής canyoning (moniteur) από τη Γαλλική Ομοσπονδία Σπηλαιολογίας. Εξερευνητής και εκπαιδευτής σπηλαιολογίας. Master Rescue Scuba Open Water Diver (SSI). Χειριστής ταχύπλοου σκάφους (Λιμενικό Σώμα). Πιστοποιημένος χειριστής μη επανδρωμένων αεροσκαφών UAV (A1-A2-A3). Βοηθός του φωτογράφου Heinz Troll 2018–2025.

Ερευνητική Εμπειρία

Biosolutions (Οκτ 2024 – Νοε 2025) — Βιώσιμες λύσεις για την κλιματική αλλαγή με επαγωγή ανθεκτικότητας καλλιεργειών. Πράσινο Ταμείο. Φορέας υποδοχής: Πανεπιστήμιο Κρήτης. Επ. Υπεύθυνος: Καθ. Π. Φ. Σαρρής.

Παρακολούθηση Ασπονδύλων (Οκτ 2024 – Οκτ 2025) — Κατάσταση διατήρησης προστατευόμενων ειδών και οικοτόπων, Άρθρο 17 Οδηγία 92/43/ΕΟΚ. Φορέας υποδοχής: Ο.ΦΥ.ΠΕ.Κ.Α. Επ. Υπεύθυνος: Δρ Κωνσταντίνος Τριάντης.

EMODnet Biology III/IV (Οκτ 2021 – Μάρ 2022) — Εξόρυξη κειμένου σε θαλάσσια taxa και χαρακτηριστικά (traits). Φορέας υποδοχής: ΙΘΑΒΒΥΚ. Επ. Υπεύθυνη: κα Δ. Μαυράκη.

PREGO (Ιαν 2020 – Δεκ 2021) — Ανάπτυξη του PREGO, πλατφόρμας ολοκλήρωσης βιβλιογραφίας και δεδομένων που συσχετίζει οργανισμούς, περιβάλλοντα και διεργασίες. ΕΛ.ΙΔ.Ε.Κ. Φορέας υποδοχής: ΙΘΑΒΒΥΚ. Επ. Υπεύθυνος: Δρ Ε. Παφίλης.

CMBR (Ιαν 2020 – Σεπ 2021) — Κέντρο για τη μελέτη και βιώσιμη αξιοποίηση Θαλάσσιων Βιολογικών Πόρων. ΕΣΠΑ 2014–2020. Φορέας υποδοχής: ΙΘΑΒΒΥΚ. Επ. Υπεύθυνος: Δρ Α. Μαγουλάς.

Διατήρηση της Πανίδας των Σπηλαίων της Ελλάδας (Ιουλ 2017 – Μάι 2019) — Ανάπτυξη της Βάσης Δεδομένων CFG. Ίδρυμα MAVA, WWF Ελλάς. Φορέας υποδοχής: ΙΝ.ΣΠΕ.Ε. Επ. Υπεύθυνος: Κ. Παραγκαμιάν.

Αγροτική Ανάπτυξη ΕΕ – LEADER — Συνδιοργάνωση 3 έργων για την καταγραφή, τη βελτίωση του αρματώματος και την ενεργοποίηση τοπικών κοινοτήτων γύρω από τα φαράγγια της Κρήτης. Φορέας υποδοχής: ΙΝ.ΣΠΕ.Ε. Επ. Υπεύθυνοι: Κ. Παραγκαμιάν & Σ. Παραγκαμιάν.

Χρηματοδότηση

TETTRIX — Μετασχηματισμός της Ευρωπαϊκής Ταξινομικής μέσω Εκπαίδευσης, Έρευνας και Καινοτομιών. EU Horizon. Επ. Υπεύθυνη: Δρ Ι. Στάθη, ΜΦΙΚ.

KYBELE — Άντληση Γνώσης από τη Βιβλιογραφία Βιοποικιλότητας μέσω Εξαγωγής με LLM. ELIXIR. Επ. Υπεύθυνος: Στέλιος Νινιδάκης, ΕΛΚΕΘΕ.

CCMRI — Δείκτης Μεταγονιδιωματικών Εγγραφών Κλιματικής Αλλαγής. ΓΓΕΚ–ΕΛ.ΙΔ.Ε.Κ. Επ. Υπεύθυνος: Δρ Ευάγγελος Παφίλης, ΕΛΚΕΘΕ.

Αποστολές

Μικροβίωμα εδάφους — Συνδιοργάνωση της Ημέρας Νησιωτικής Δειγματοληψίας Κρήτης 2022 (Island Sampling Day Crete 2022) με 29 συμμετέχοντες. ΕΛΚΕΘΕ.

Μικροβίωμα σπηλαίων — Δειγματοληψία από το βαθύτερο σπήλαιο της Ελλάδας, Σπήλαιο Γουργούθακας (−1.100 m). Πανεπιστήμιο Κρήτης.

TREC — Αποστολή Traversing European Coastlines, superstop του EMBL στην Αθήνα, Ιούλιος 2024.

Αρθρόποδα — Δειγματοληψία από σπήλαια (100+ δειγματοληψίες σπηλαίων). ΙΝ.ΣΠΕ.Ε.

Αρπακτικά πτηνά — Συλλήψεις από φωλιές σε βράχους στο Αιγαίο και την Κρήτη. Σπιζαετός, χρυσαετός, Gypaetus barbatus. Φορέας υποδοχής: Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης.

Πλατφόρμες & Εργαλεία

Σύστημα Πληροφοριών Εδάφους Κρήτης — Ανοικτή πύλη με δεδομένα εδάφους της Κρήτης από βιβλιογραφία, δειγματοληψίες και χάρτες.

Βάση Δεδομένων CFG — Πρώτη ολοκληρωμένη εθνική ανοικτή βάση δεδομένων για τη βιοποικιλότητα των σπηλαίων. ΙΝ.ΣΠΕ.Ε.

Βάση Δεδομένων CCMRI — Δείκτης Μεταγονιδιωματικών Εγγραφών Κλιματικής Αλλαγής, δυναμικό σύστημα ειδοποίησης ερευνητών και ταξινόμησης δειγμάτων.

PREGO — Σύνδεση μικροοργανισμών, περιβαλλόντων και διεργασιών μέσω ολοκλήρωσης δεδομένων και εξόρυξης κειμένου.

Παρουσιάσεις

Joint International MIKROBIOKOSMOS and CEESME Conference (Θεσσαλονίκη, 09/2025) — A Thousand Meters Deep: Vertical Profiling of the Subterranean Microbiome of Gourgouthakas Cave.

2nd Young Soil Researchers Forum (EUSO Stakeholders Forum 2024, Οκτ 2024) — From Micro to Macro: Crete island biodiversity and its soil microbial interactome.

Soil Health: Current Status and Future Needs 2024 (Χανιά, Οκτ 2024) — From microbes to ecosystems: towards a Crete island soil system.

TREC Symposium 2024 (Χαϊδελβέργη, Σεπ 2024) — Traversing European Coastlines superstop at Athens. Μαζί με τον Ευάγγελο Παφίλη.

Qlife Winter School (Παρίσι, Μάρ 2024) — Travel Grant για το poster: Defining Crete’s Macroecology based on its soil Microbial Interactome.

10th International Conference of MIKROBIOKOSMOS (Λάρισα, 12/2023) — From Micro to Macro, Defining Crete’s Macroecology based on its soil Microbial Interactome.

EMBO Satellite Workshop on Ecology Informatics (Ηράκλειο, 05/2023) — Integrating data and methods: what can we learn about the soil ecosystems of Crete.

9th International Conference of MIKROBIOKOSMOS (Αθήνα, 12/2021) — PREGO: mining literature and -omics (meta)data to associate microorganisms, biological processes, and environment types.

Λοιπά: 5 παρουσιάσεις και 10 posters σε διεθνή συνέδρια και εργαστήρια.

Δημοσιότητα

Safety goes out the window in the search for thrills and photo ops — Kathimerini, 01/2026

Aerial rescue falling short — Kathimerini, 12/2025

Μικρόβια στον Υπόκοσμο — Περιοδικό Σπηλαιολογίας «Υπόκοσμος», 10/2025

Ραδιοφωνική συνέντευξη για τα μικρόβια του εδάφους της Κρήτης — Hxonews, 07/2025

Συνέντευξη για τα μικρόβια του εδάφους της Κρήτης — Cretalive, 08/2025

Επιστημονικά Βραβεία: Ο Σάββας Παραγκαμιάν λαμβάνει το Dawn Field Award — Βήμα Science, 08/2025

Δειγματοληψία μικροβίων στο σπήλαιο Γουργούθακας — Cretalive, 08/2022

Δημοσιεύσεις

η ισότιμη πρώτη συγγραφή σημειώνεται με *

Δείτε την πλήρη λίστα στη σελίδα Δημοσιεύσεις.